ชุดเยาวชน

เมร์กาโดลงเล่นให้กับอาร์เจนตินา รุ่นอายุไม่เกิน 20 ปี ในการแข่งขันฟุตบอลเยาวชนชิงแชมป์อเมริกาใต้ 2007 ที่ประเทศปารากวัย และได้ร่วมแข่งขันฟุตบอลโลกเยาวชนอายุไม่เกิน 20 ปี 2007 ที่ประเทศแคนาดา

ชุดใหญ่

เมร์กาโดลงเล่นให้กับทีมชาติอาร์เจนตินาครั้งจากการเรียกตัวของหัวหน้าผู้ฝึกสอนดิเอโก มาราโดนา ในเกมกระชับมิตรที่ชนะจาเมกา 2–1 เมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ 2010 จากนั้นเมร์กาโดถูกเรียกเป็นตัวจริงให้กับอาร์เจนตินาในการแข่งขันโกปาอาเมริกาเซนเตนาริโอ และได้ลงเล่นในนัดชิงชนะเลิศที่พบกับชิลี ซึ่งแพ้ไปในการดวลลูกโทษ 4–2[4]

ในเดือนพฤษภาคม 2018 เมร์กาโดมีชื่ออยู่ในรายชื่อ 35 คน ในการแข่งขันฟุตบอลโลก 2018[7] และท้ายสุดเขาได้มีชื่อ 23 คนสุดท้ายในการเข้าแข่งขัน[8] ในฟุตบอลโลกรอบ 16 ทีมสุดท้ายที่พบกับฝรั่งเศส เมื่อวันที่ 30 มิถุนายน เขาสามารถทำประตูให้กับทีมได้ แต่สุดท้ายอาร์เจนตินาตกรอบโดยแพ้ฝรั่งเศส 4–3[9]